Datenbanken und Software
Datenbanken
Unsere paläontologische Sammlung hat einen starken regionalen Bezug und umfasst ca. 90.000 Objekte. Schwerpunkt sind Fossilien (v.a. Ammoniten) des Jura und pleistozäne Wirbeltiere aus den fränkischen Höhlen. Ein großer Teil stammt aus dem Grabungsprojekt ‚Hunas‘. Die Wirbeltiersammlung wird zurzeit digital erfasst.
Die Sammlungsdaten können teilweise schon jetzt über eine MySQL-Datenbank online abgefragt werden. Wir sind Partner von GeoCASe und von GBIF.
Die PaleoReefs-Datenbank wurde im Rahmen von mehreren Projekten (DFG, VolkswagenStiftung) entwickelt, um die Evolution von biogenen Riffen besser zu verstehen. Biologische, petrographische und paläogeographische Daten zu derzeit mehr als 4000 phanerozoischen Riffsystemen sind erfasst. Die Verbreitung der fossilen Riffsysteme ist auf 32 paläogeographischen Karten abrufbar. Seit 2014 existiert eine schreibgeschützte MySQL-Datenbank, die online abgefragt werden kann.
Registrierte Benutzer können hier auch neue Daten eingeben.
Die Paleobiology Database ist ein internationales Konsortium von Wissenschaftlern, mit dem Ziel alle Fossildaten der Erdgeschichte zusammenzutragen.
Derzeit arbeiten nahezu 360 Wissenschaftler aus über 130 Institutionen und ~25 Ländern daran, sämtliche Fossilvorkommen in ihrem stratigraphischen und geologischen Kontext zu dokumentieren. Eine Reihe von statistischen Analysewerkzeugen erlaubt die Erstellung von probenstandardisierten Diversitätskurven und vieles mehr. Das GeoZentrum Nordbayern ist einer der aktivsten Datenlieferanten für dieses Projekt. Derzeit sind über 1,2 Millionen Vorkommen von >317.000 Taxa enthalten.
Die Ancient Reef Traits Database ist eine auf Exemplaren basierende Zusammenstellung von Riffen bildenden Eigenschaften, die sich hauptsächlich auf skleraktinische Korallen konzentriert. Der Zweck dieser neuen Datenbank ist es, die Aussterbe- und Evolutionsprozesse von riffbildenden Taxa besser zu verstehen. Es wird im Rahmen des DFG-Projekts „coralTrace“ entwickelt.
StabisoDB (Stable Isotope Database for Earth System Research) wurde geschaffen, um den lang gehegten Wunsch der Gemeinschaft nach einer relationalen Datenbank zu erfüllen, die die Anwendung von stabilen Isotopen-Daten auf Erdsystemstudien erleichtert. Die Datenbank wurde von Michael Joachimski und Ethan Grossman eingerichtet.
Software und Extensionen
Die freie und quell-offene Programmiersprache R ist eines der am häufigsten verwendeten Tools für die statistische Datenanalyse. Mehrere Erweiterungspakete wurden von den Mitarbeitern des GeoZentrums erstellt und gepflegt, die für geologische/paläontologische Berechnungen verwendet werden.
Chronosphere: Das sich in der Entwicklung befindende Framework bietet einfachen Zugriff und Datenbereitstellung für wissenschaftliche Analysen, die von sich ändernden Daten abhängen. Eine Beschreibung der verfügbaren Datenelemente finden Sie auf der Projektwebsite.
Die zu der Chronosphäre gehörenden Assets finden Sie auf GitHub.
Das divDyn R-Paket (Diversity Dynamics using Fossil Occurrence Data) implementiert Methoden zur Berechnung von Metriken für Diversität, Aussterben und Extinktion. Es enthält außerdem verschiedene Algorithmen zur Standardisierung von Stichproben.
Der Artikel, in dem das Paket beschrieben wird, wurde in der Fachzeitschrift Methods in Ecology and Evolution veröffentlicht. Das Paket selbst ist bei CRAN und GitHub erhältlich.
rgplates
Das rgplates-Paket implementiert vereinfachte Schnittstellen zur GPlates desktop-Anwendung und zum GPlates Webdienst, mit denen paläogeografische Positionen anhand heutiger Koordinaten rekonstruiert werden können.
Das Paket ist über das Comprehensive R Archive Network (CRAN) und über GitHub verfügbar.